2138-ban aranykorukat élik a virtuális valóságot kínáló online játékok. A több mint egy évtizeden át a legnépszerűbbnek számító Yggdrasil fantasy-kaland szerepjáték azonban mostanra teljesen elnéptelenedett, így eljött az ideje a szerverek lekapcsolásának. Az utolsó percig a játékban tartózkodó Momonga meglepetten tapasztalja, hogy Yggdrasil világa még a leállítást követően is tovább létezik, és míg az NPC-k öntudatra ébredtek, az ő tudata eggyé vált az avatarjaként használt, teljhatalmú csontváz mágussal.