A történet a Fate/Stay Night után játszódik, amikor Ilya már általános iskolába jár. Eközben Rin egy különleges küldetésen van, ahol meg kell szereznie a szolgakártyákat. Így egy brit lánnyal kell együttműködnie: Ruviával. Nos, kettejük kapcsolata nem éppen a csapatmunkáról híres, így folyamatos rivalizálásba kezdenek. Közös vonásuk talán az, hogy mindkettőjüknek van egy varázspálcája, melyek önálló tudattal rendelkeznek: ők Rubin, illetve Zefír. A pálcák olyannyira megunják gazdáik rivalizálást, hogy újat keresnek maguknak. Így az egyik pálca (Rubin) Ilya, a másik (Zefír) pedig Miyu birtokába jut. Ezek után Ilyaéknak csapatként kell együttműködniük, hogy a szolgakártyákat megszerezzék.