Régen, a ninjaháborúk korában néhány shinobi arra használta chakráját, hogy a levegőben szárnyalhassanak. Úgy nevezték magukat: az Ég Országa. Konohát előre nem látott támadás éri: mesterséges szárnyakat viselő shinobik légicsapást mérnek a falura, így bosszulva meg a Második Ninjaháborúban elszenvedett vereséget. S úgy tűnik, egy újabb háború hamarosan elkerülhetetlenné válik. Eközben egy fiatal lány, Amaru érkezik Konohagakuréba, hogy segítséget kérjen a Tűz Országa szélén álló kicsiny faluja számára mesterétől, az orvos Shinoutól. Shinou el is indul tanítványával, s Narutóra, Sakurára és Hinatára hárul a feladat, hogy védelmezzék őket a hazaúton. Elérve céljukat azonban egy felgyújtott falut találnak. Mialatt egy négyfős konohai csapat az ellenséges flottát próbálja legyőzni, a betegeskedő Orochimaru elküldi Sasukét, hogy keresse meg az orvost, akitől egy bizonyos tiltott technikát tanult. A falusiak megmentésében Amarut segítő Naruto és volt csapattársa útjai újra keresztezik egymást...