A második évad jelentősebb időkihagyás nélkül folytatódik az első után. Történetünk azzal kezdődik, hogy hőseink éppen az iskolában vannak, amikor Tomoharu hirtelen megtudja, hogy Takatsuki Kanade a nővérszobába ment. Egyből rohan, hogy megnézze hogy van, mivel nagyon aggódik miatta, mert az előző harcukban nagyon kifárasztotta magát, és rossz állapotba is került utána. Végül kiderül, hogy semmi baja nincs, sőt, nem is neki volt baja, bár Tomoharu pont rosszkor toppan be a nővérszobába, és ettől épp neki lesz "komolyabb" baja. Ettől függetlenül Kagakagari még mindig nem adta fel céljait, és tovább küzd azért, hogy elérje őket. Ám az elkövetkezendőkben egy nála sokkal erősebb ellenfél fog feltűnni, akinek a tervei is sokkal nagyszabásúbbak, és elég sokat is tud a dolgokról. Feltűnik pár új, igen lényeges szereplő, például Kagayaki Tokiya, a kémia klub elnöke, aki egy rendkívül eszes srác; valamint feltűnik még az, aki az egész esemény elindítója volt, aki nem más, mint Tomoharu "bátyja", Natsume Naotaka, legalábbis így ismerik, de nem szólok róla többet, mert nagyon lényeges a szerepe a történetben. A második évadban nagy hangsúlyt helyeznek arra, hogy megválaszolják azokat a kérdéseket, amik az elsőben felmerültek. Megismerhetünk pár olyan karaktert, akik ugyan nem szerepeltek személyesen az első évadban, de elég nagy hatással voltak a történéseire. Valamint, az Első világról is sok minden kiderül, csakúgy, mint az Asura Machinákról, és a démonokról is.