Alaptörténetről itt igazán nem beszélhetünk, hiszen minden ott folytatódik, ahol anno abbamaradt. Sokan várták már a folytatást, hiszen a visual novelhez egy szomorú és egy vidámabb véget is készítettek. Aki látta a mozifilmet, az tudja, hogy melyik alternatíva bontakozott ki, ezért is sok Clannad-fan már alig várta az After Story kezdetét.