A sorozat az első évad vége után nemsokkal folytatódik. Miyafuji Yoshika-t egy, az égből lezuhant boszorkány keresi fel egy levéllel neki címezve. A feladó pedig nem más, mint elhunyt édesapja. Yoshika a levéllel azonnal fel is keresi Sakamoto Mio őrnagyot, aki csökkenő varázsereje ellenére éppen vissza készül a frontra. Miközben Európában nem túl rózsás a helyzet, egy óriási Neuroi fészek tűnik fel a kontinens felett újabb nehéz feladat elé állítva az újonnan felállított 501-eseket. Lányaink ezúttal új helyszínen, új bázisról indulnak, hogy megküzdjenek az emberiséget fenyegető veszedelemmel.