Két év telt el a CCG Anteiku elleni támadása óta. Bár Tokió atmoszférája a CCG megnövekedett befolyásának köszönhetően drasztikusan megváltozott, a fokozottabb elővigyázatossággal tevékenykedő ghoulok továbbra is problémát jelentenek. Ez különösen igaz az Aogiri Fa terroristacsoportra, mely a ghoulok létezését fenyegető veszélyként tekint a CCG-re, és mindent megtesz megállítása érdekében. Válaszul a CCG megalakít egy különleges csapatot, a Quinx Osztagot, mely talán végre megadhatja számukra a kellő löketet, hogy megtisztítsák Tokiót a nemkívánatos lakóitól. Az egység tagjai olyan ghoulnyomozók, akik műtéten mentek keresztül annak érdekében, hogy elnyerhessék a ghoulok speciális képességeit, különleges hadműveletekben vehessenek részt, és kiirthassák a veszélyes teremtményeket. A csoport vezetője Sasaki Haise: egy fél-ghoul, fél-ember, aki a híres különleges osztályú nyomozó, Arima Kisho által lett kiképezve. Azonban több bújik meg ebben a fiatal fiúban, mint ami elsőre látszik; ahogy ismeretlen emlékek hasítanak elméjébe, lassacskán emlékezni kezd az emberre, aki valaha volt.