Jó néhány évvel járunk a Naruto Shippuuden befejezése után. Immár Naruto a Hetedik Hokage, és a fia, Boruto keveri a zűrt a faluban. Konoha teljesen megváltozott, immár sokkal jobban hasonlít egy modern városhoz, semmint egy faluhoz. Boruto itt tengeti mindennapjait, és látszólag fontosabb számára a szórakozás, mint a ninja-kiképzés. Azonban bizonyítani akar apjának, aki szinte sosem ér rá velük foglalkozni, ezért részt vesz a Chuunin Vizsgán, ahol mindenki nagy meglepetésére egész jól szerepel. Azonban nem minden arany, ami fénylik, rövidesen elszabadul a pokol, hála régi ismerőseinknek, az Ootsutsuki-klánnak.