A külvilág számára a Mihama Akadémia egy teljesen hétköznapi oktatási intézmény, amely látszólag a kiváltságos tanulók számára van fenntartva. Valójában mindössze öt diáklány jár ide, és mindegyiküknek olyan sötét foltok vannak a múltjában, amik megakadályozzák őket a társadalomba történő beilleszkedésben. Számukra a szanatóriumként is működő iskola egyszerre jelenti a börtönt és a menedéket is, ahol békés egyhangúságban élhetik diákéveiket. A nyugalmukat azonban hamarosan megzavarja Kazami Yuuji, az akadémia első fiú diákjának megérkezése, akinek a múltja szintén sötét titkokat rejteget. De talán pont az ő hűvös és érzéketlen személyisége lesz az, amely lebontja a falakat, amiket a lányok maguk köré emeltek, és segít nekik elindulni a gyógyulás útján. A Grisaia no Rakuen évadban ugyanonnan folytatódik a történet, ahol az első végén abbamaradt. Annyi változással, hogy ezúttal felcserélődnek a szerepek, és mostantól a lányokon a sor, hogy segítsenek korábbi megmentőjükön.