Minato és Sekirei-jei "békésen" folytatják életüket az Izumo fogadóban. A napi kalamajkák persze nem elkerülhető részek, ahogy azt az első sorozatból már megtudhattuk. Miya főbérlőasszony még mindig hatásos eszközökkel tudja terrorizálni lakóit, ha ők esetleg nem tartják be a házirendet. ^^ Viszont a Sekirei terv még csak a 2. fázisban van és nem kevés megpróbáltatás vár még hőseinkre. Miután Minato segített egy Sekirei-nek megszökni párjával, sok hasonló cipőben járó pár próbálta meg ugyanezt a lépést, ám a fegyelmező osztag tagjai kegyetlen módon elbántak a még reménnyel teli kísérletezőkkel. Minato mély érzései és odaadása több Sekirei figyelmét is felkelti, és ennek köszönhetően még több erős Sekirei-re tesz szert. Ezt persze Tsukiumi nem tolerálja annyira ^^. Azonban a Professzor rögtönzött ötletei, melyek csak meggyorsítják a Sekirei tervet, megosztják a szereplőket, és még a legjobb barátokat is. Kegyetlen harc indul meg a győzelemért, miközben Minato csak remélni tudja, hogy valami módon meg tudja állítani ezt az őrületet.