Egy japán városban járunk napjainkban. Egy furcsa baleset után a városban egy különös eltűnési áradat indul meg. A szóbeszéd szerint egy úgynevezett Boogiepop a felelős az eltűnésekért, akit Halálként is emlegetnek. Egy gimnazista lány, Nagi Kirima nyomozásba kezd az eltűnési sorozat után. Célja, hogy megtalálja Boogiepop-ot, akiről időközben kiderül: nem ő az igazi ellenség...