2039-et írunk, a globális felmelegedéssel együtt jött a tengerszint emelkedése. Jelentős területeket hódított vissza a víz és egy ismeretlen, de kíméletlen erő: a Köd Flotta. Nem tudják, hogy honnan jöttek, azt sem, hogy mik ezek az entitások. Csak egy dolog biztos: Második világháborús japán hadihajó kinézetük ellenére hihetetlenül modern és potens fegyvereikkel a tenger uralmát akarják maguknak. <r><r> Az emberiség minden erejét összeszedte, hogy ez ellen a hatalom ellen győzelmet arasson, de hiába. A Köd nyomasztó erőfölénye egyszerűen lesöpörte a tengerekről az összes emberi hajót. Ezek a furcsa, nem evilági teremtmények mindent, ami elég bátor vagy botor ahhoz, hogy a tengerek területére merészkedjen - legyen az hajó vagy repülő - elfognak és megsemmisítenek. <r><r> A klímakatasztrófával egybekötve a kíméletlen szorításuk lassanként megfolytja az emberi civilizáció maradékát is. A kommunikációs műholdakat és a tengeren fekvő kábeleket mind megsemmisítették a Köd hajói. Ami pedig megmaradt, az az aktív zavarás miatt majdhogynem használhatatlan. <r><r> Hét évvel később Japánban a haditengerészet maradéka hatalmas erődítményekbe vonult vissza, ahol megpróbálják fenntartani a hatékony haderő látszatát. Az ellenséggel szembeni reményük egyetlen elfogott ellenséges tengeralattjáró, az I-401-es. A hét éves álldogálás alatt nem sok mindent sikerült kideríteniük róla, viszont most hogy a tisztek egy új generációjának mutatják be a hajót, az egyik növendék érintésétől életre kel. <r><r> Az eseményekbe két évvel azután csöppenünk bele, hogy a főszereplő, Chihaya Gunzō az életre kelt I-401 kapitánya lett - vagy ahogy ő jobban szereti nevezni: Iona. Ugyanis a háború folyományaként az idegen hajók legtöbbje emberi külsőben is manifesztálódott, hogy ily módon jobban megérthesse az embereket. Ahogy a cselekmény kezd kibontakozni, úgy nyílik ki előttünk egy világ, ahol bizonyos hatalmak (emberek?) egyre bátrabb (kétségbeesettebb?) módon akarják megkaparintani Ionát, hogy így - természetesen mindenki érdekében - magukhoz ragadják az egyetlen fegyvert, ami jelenleg képes megsemmisíteni az ellenséget, egy másik Köd hajó.