A történetünk ott kezdődik, amikor egy éjszaka Muto Kazukival végez egy szörny, miközben ő egy titokzatos lányt igyekszik megmenteni. Halála után Kazuki a koleszszobájában tér magához, és álomnak hiszi az eseményeket egészen addig, míg egy óriáskígyó szerű szörny meg nem támadja őt a húgát. Tsuruma Tokiko, a lány, akit megmentett elárulja neki, hogy a szörny egy homunculus. Kazukit valóban megölte a szörny, amikor megmentette Tokikót, azon ő felélesztette azzal, hogy egy Kakugane medált helyezett a mellkasába, hogy ez legyen az új szíve.

Tokiko elmagyarázza, hogy a Kakugane egy olyan alkimista eszköz, amely aktiváláskor a használóján alapuló egyedi alakot vesz fel, így jön létre a Busou Renkin, az egyetlen eszköz, ami képes végezni egy homunculussal. Kazuki létrehozza a saját Buso Renkinjét (aminek a neve "Sunlight Heart", egy nagy lándzsa) és csatlakozik Tokikohoz (akinek a Buso Renkinje a "Valkyrie Skirt", egy kivégző kasza) hogy együtt felvegyék a harcot a homunculusok és mesterük ellen.