Képzelj el egy világot, ahol a pánik, rettegés és a hatalmas kaijuuk támadása szinte már mindennaposnak számít. Csak egy erre kiképzett katonai alakulat, a Védelmi Erők képesek sikerrel az útjukat állni. Ám a hátramaradt tetemekkel is foglalkoznia kell valakinek, és itt jön a képbe főszereplőnk, Hibino Kafka. Túl a harmincon, reményvesztetten álmodozik róla, hogy egyszer gyerekkori barátja mellett állhat a véderők tagjaként, de jelenleg legfőbb tevékenysége a kaijuu belekben történő turkálásban merül ki. Mikor pedig a fiatal és ambiciózus Reno is csatlakozik a takarítókhoz, még jobban eluralkodik rajta a melankólia. Ám nincs túl sok ideje búslakodni, mivel már az újonc első napján kaijuu támadás éri őket, amit csupán Kafka önfeláldozásának hála sikerül túlélniük. A kórházban töltött éjszaka közepén pedig egy olyan látogató teszi tiszteletét, aki a feje tetejére állítja főhősünk életét, és elindítja történetünket...