Két és fél év telt el azóta, hogy Naruto Uzumaki elhagyta Konohagakure-t, a Rejtett Leveles Falut intenzív edzés céljából olyan események után, amelyek táplálták vágyát, hogy erősebb legyen. Most Akatsuki, az elit gazember ninja titokzatos szervezete lezárja nagy tervét, amely veszélyeztetheti az egész shinobi világ biztonságát.