A nehéz sorsú, de zseniális tinédzser, Minato Sahashi másodszor is megbukott a főiskolai felvételi vizsgán, aminek következtében a környezetében élők értéktelennek tartják. A kilátástalannak tűnő jövője azonban drámai módon megváltozik, amikor egy gyönyörű, természetfeletti nő zuhan le az égből az életébe. Ez a nő, Musubi, egy különleges lény, akit “Sekirei”-ként ismernek, egy humanoid földönkívüli, aki rendkívüli képességekkel rendelkezik. Ezek az idegenek arról híresek, hogy megcsókolják az Ashikabi gént hordozó embereket, hogy mélyen bennük lappangó további erőket ébresszenek fel. Felismerve a látszólag jelentéktelen fiatalemberben rejlő lehetőségeket, Musubi megcsókolja a megdöbbent Minatót, és ezzel kötelék alakul ki kettejük között. Ez magával rántja őt a Sekirei nagy tétekkel teli világába, ahol neki és új társának másokkal kell megküzdenie a túlélésért vívott harcban, amelyet “Sekirei tervnek” neveznek. A versenyzők tudta nélkül azonban sokkal több forog kockán, mint amit a verseny kezdetben jelentett.